1945 წლის 11 აპრილს ექვთიმე თაყაიშვილი თბილისში დაბრუნდა. 1945 წლის 15 აპრილს ექვთიმე თაყაიშვილი საქართველოს სსრ განათლების მინისტრის ბრძანებით დაინიშნა თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის საქართველოს ისტორიის კათედრის პროფესორად. 1945 წლის 10 მაისს მიანიჭეს დამსახურებული პროფესორის წოდება. 1946 წლის 28 დეკემბერს იგი აირჩიეს საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის აკადემიკოსად. 1946 წელს ექვთიმე თაყაიშვილი საჯაროდ წარდგა თბილისის უნივერსიტეტის პროფესორ-მასწავლებელთა წინაშე მოხსენებით „ევროპაში ნახული ქართული ძეგლები და იქვე შეკრებილი ცნობები ქართული ძეგლების შესახებ“. მეტად მნიშვნელოვანია მის მიერ 1949 წელს სრული სამეცნიერო აპარატის თანხლებით გამოცემული სუმბატ დავითის ძის ქრონიკა ტაო-კლარჯეთის ბაგრატიონთა შესახებ. ხოლო 1949 წლის 17 სექტემბერს სსრ კავშირის უმაღლესმა საატესტაციო კომისიამ დაუმტკიცა დოქტორის ხარისხი და პროფესორის წოდება.
ექვთიმე თაყაიშვილს ჰყავდა მეუღლე, ივანე პოლტორაცკის ასული ნინო, რომელზეც 1894 წელს იქორწინა, და ქალიშვილი. 1985 წელს რეჟისორმა რეზო თაბუკაშვილმა მის შესახებ დოკუმენტური ფილმი გადაიღო. დიდი მეცნიერი 1953 წლის 21 თებერვალს, უკიდურეს გაჭირვებაში გარდაიცვალა. მის დაკრძალვას ვაკის სასაფლაოზე მხოლოდ ორმოცამდე ადამიანი დაესწრო.
